在肾病的诊断中，传统的X线检查已能解决大部分诊断问题，但在肾功能不良、肾不显影或超声显像作为首选而得不出结论时，CT是最适宜的。CT能清晰显示肾轮廓和肾周围间隙及其与邻近器官和结构的相互关系，对发现肾内后方和较小的肾内肿块，及对脂肪性肿块的定性上，均比X线检查和B超等方法准确可靠。CT最常用于下列肾病的诊断。
(1) 肾占位性病变：CT诊断主要依靠肾大小、外形轮廓及肾实质密度的改变。如肾实质癌时可清楚显示肿块突出于肾轮廓外，或呈轮廓不规则的全肾增大，肿块显示为边缘较清楚的不规则低密度区，还可显示出肾癌扩展外侵情况；肾盂癌的诊断主要依靠肾盂肾盏低密度区内见瘤块软组织密度影，及增强扫描后肾盂肾盏内肿块状充盈缺损；肾血管平滑肌脂肪瘤主要显示一处或多处边缘较光滑的肾盂肾盏压迫变形；对肾囊肿性病变诊断的准确性几乎100%，很小的囊肿也能发现。
(2) 肾盂积水和输尿管梗阻：轻度积水，CT不如尿路造影易判断；中度积水时，可显示具有肾盂肾盏形态和位置的水样低密度影，及肾实质变薄和肾影增大；重度积水时除肾影极度增大、肾实质菲薄外，显示肾实质内巨大分叶状水囊样低密度影，增强扫描可见造影剂沉积分层现象。
(3) 炎症性病变：作CT以排除或诊断肾和肾周围脓肿。肾脓肿时显示肾实质内边界清楚的圆形低密度区，增强扫描可见壁较厚但较光滑的环状增强即脓肿壁。肾周围脓肿显示为肾受压移位和肾外半月形包囊状低密度影。在慢性肾盂肾炎或返流性肾病中，CT的主要价值是能证实有无萎缩疤痕肾，尤其是肾功能不良或由于重度静脉尿路造影引起的弥漫性肾损害。
(4) 肾血管性病变：肾动脉狭窄后的缺血性肾萎缩时，显示肾小，但边缘较光滑，严重缺血病例增强扫描肾影可不强化。肾静脉血栓形成早期，显示肾影增大和肾功能减退，后期显示肾萎缩和肾静脉血栓钙化，大剂量增强扫描显示肾静脉扩大，伴静脉内低密度血栓、肾周围静脉“蜘蛛网状 ”侧枝循环。
(5) 肾外伤：可显示肾实质裂伤、断裂和血肿。
(6) 其他：检查移植肾，诊断先天性独肾、盆腔肾、马蹄肾等，CT也是最可靠方法。
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